הפועל בקעת הירדן היא אחת מקבוצות ליגה א׳ דרום הכי טיפוסיות שהייתה בליגה, ועבור חלק מהמועדונים היא נחשבת לכבשה השחורה שקשה לנצח ושלא עושה חיים קלים, זאת למרות שאין לקבוצה תקציב גדול או שמות מפוצצים ביחס לליגה א׳. אך זאת זכר גם לתקופה שבה הקבוצה אירחה את משחקיה במגרש הביתי שלה במושב תומר, הסגל המקומי הכיר כל פיסת דשא והיה קשה לקחת ממנה נקודות בבית.
בעונות קודמות היו לא מעט עליות ומורדות, וגם בעונות פחות טובות הקבוצה הצליחה להבטיח הישארות בליגה, אבל העונה הנוכחית הקבוצה לא הצליחה לצלוח ואתמול נפרדה רשמית מליגה א׳ דרום אחרי כמעט עשור.
הפועל בקעת הירדן הוקמה בשנת 1999 ומאותו עונה היא שיחקה בליגה האחרונה בישראל ליגה ג׳, עד לעונת 08/09 תחת ליאור זדה היא הצליחה להבטיח עליית ליגה וזאת למרות שהפסידה במשחקי המבחן, לאור התפרקותה של הפועל שגב שלום.
בעונת 14/15 הקבוצה העפילה לראשונה לליגה א׳ דרום ושם היא שיחקה במשך כעשור, אז אימן אותה רון מרכוס, בסוף העונה היא הייתה קרובה לירידת ליגה וניצלה ברגע האחרון במשחקי המבחן אחרי שגברה על שדרות. באותה העונה היא גם יצגה את ישראל בטורניר גביע האזורים.
בעונת 19/20 היא הצליחה לשרוד לעונה נוספת בליגה וסיימה במקום ה-14 בטבלה, עונה לאחר מכן 20/21 היא רשמה עונה מרשימה בתקציב נמוך והצליחה להעפיל לפלייאוף העליון וגם להגיע להישג בגביע המדינה בו הגיעה לסיבוב ח׳ אבל הודחה מול נתניה שניצחה במשחק 0-2.
בעונת 21/22 היא סיימה את העונה במקום ה-10 בטבלה והבטיחה הישארות לעונה נוספת באותה עונה היא ייצגה את ישראל בפעם השנייה בגביע האיזורים אבל לא עברה את שלב הבתים. העונה הקודמת 22/23 הייתה עונה טובה עבור בקעת הירדן, היא עשתה הרבה צרות לליגה וקבוצות התקשו לקחת ממנה נקודות, והיא אף השיגה את הניצחון הגדול ביותר בתולדותיה כאשר ניצחה 1-11 את שמשון כפר קאסם אבל לא הצליחה להעפיל לפלייאוף העליון.
העונה הנוכחית הייתה לא פשוטה עבור בקעת הירדן, חנן אזולאי המשיך לקבל קרדיט כמאמן, התקציב נמוך והסגל הצעיר ברובו לצד מס׳ שחקנים מנוסים שמשחקים בקבוצה לא עזרו לקבוצה לשרוד לעונה נוספת בליגה א׳. בקעת הירדן צברה 29 נקודות בלבד, ורשמה 15 הפסדים, 7 ניצחונות ו-8 תוצאות תיקו.
לאורך המחזורים האחרונים היו קבוצות שהציגו יכולת הרבה יותר חלשה מהבקעה, אבל המחזור האחרון הכריע סופית, הפועל לוד שגם הייתה מועמדת לירידה ניצחה את הבקעה 1-3 ושלחה אותה לליגה ב׳ אחרי כמעט עשור בליגה א׳.